1传统分类
以细bai菌的形态和du生理特征为依据的分类是传统分类的基zhi础，即选择一些较为稳定的细菌生物学性状，如菌体形态与结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性等作为分类的依据 。
上世纪60年代引入了数值分类法，借助于计算机将拟分类的细菌按其性状的相似程度进行归类，以此划分种属。
由于对分类所用性状的选择存在一定主观性，故细菌的传统分类又被称为人为分类。
2自然分类
上世纪70年代以来，化学/核酸分析法被引入细菌分类学，使细菌种群的划分更为客观。
化学分析法应用电泳、色谱、质谱等方法，对菌体组分、代谢产物组成与图谱等特征进行分析。
核酸分析包括DNA碱基组成（G+C mol/%）、核酸分子杂交（DNA-DNA同源性、DNA/rRNA同源性）和16S rRNA同源性分析（细菌16S rRNA在进化过程中很少发生变异）等。
通过对比细菌大分子（核酸、蛋白质）结构的同源性并以此进行分类，解释了细菌进化的信息，这种以细菌发育关系为基础的细菌分类称为系统分类或种系分类，又称自然分类。
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