电子显微镜重点实验室现名：物理研究所材料与结构分析部。材料与结构分析研究部在北京电子显微镜重点实验室与物理所三个相关课题小组的基础上于1996年正式成立。引进多名优秀人才。实验室的研究工作主要涉及电子全息、电子能量损失谱，高分辨电子显微学，会聚束电子衍射，准晶、纳米材料微结构分析、多种无机材料的结构和相图，巨磁电阻多层膜及隧道结以及强关联材料的电荷有序化研究。利用计算机模拟和理论模型化方法对实验的数据进行深入分析。